La trama di base di Shuffle segue la vita di Rin Tsuchimi, un normale studente giapponese, che si ritrova a essere amato da una serie di ragazze. Il mondo di Shuffle è un mondo di esseri umani che vivono in armonia con gli dei(con le orecchie leggermente a punta) e i demoni (con le orecchie molto appuntite). Nonostante le rispettive connotazioni positive e negative, sia divinità che demoni sono entrambi di gentile natura. Rin presto si ritrova a essere un potenziale candidato per il matrimonio sia di Lisianthus(la principessa degli dei)che di Nerine(la principessa dei demoni). Oltre a loro, Rin è amato dalla sua amica di infansia, Kaede , una sua sempai, Asa , e la misteriosa e riservata Primula. Alla fine della storia Rin prenderà la sua decisione,e finirà con una sola di queste ragazze